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        ctDNA高通量測序臨床實(shí)踐專(zhuān)家共識(2022版)

        發(fā)布時(shí)間:2023-04-12 16:17 文章作者:云鴻科技 瀏覽次數:791
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        隨著(zhù)液態(tài)活檢的快速發(fā)展,采用體液對患者的分子特征進(jìn)行分析成為可能,特別是基于循環(huán)腫瘤DNA(circulating tumor DNA,ctDNA)的高通量測序(next generation sequencing,NGS)技術(shù),因其無(wú)創(chuàng )或微創(chuàng )、檢測時(shí)間短、能夠反映瘤內和轉移灶異質(zhì)性、可動(dòng)態(tài)監測治療療效等優(yōu)勢而在臨床得到越來(lái)越廣泛的應用。與腫瘤組織樣本相比,采用ctDNA進(jìn)行基因檢測在樣本收集和處理、檢測技術(shù)要求、結果解讀和臨床應用等方面存在諸多不同,且目前國內尚缺少ctDNA基因檢測標準,因此限制了其在臨床上的規范應用。


        為此,中國抗癌協(xié)會(huì )腫瘤標志專(zhuān)業(yè)委員會(huì )組織國內腫瘤臨床、病理、檢驗、生物信息分析和高通量檢測領(lǐng)域專(zhuān)家,參考國內外 ctDNA 臨床應用共識、指南和最新文獻,結合國內外現有的高通量測序技術(shù)要求和臨床實(shí)踐,從ctDNA的生物學(xué)特征、臨床應用價(jià)值和范圍、高通量檢測的標準要求及其未來(lái)發(fā)展趨勢等方面提出本共識,以促進(jìn)ctDNA NGS的健康規范發(fā)展。

        ctDNA概述

        專(zhuān)家共識1

        ctDNA是由腫瘤細胞主動(dòng)分泌或腫瘤細胞在凋亡或壞死過(guò)程中釋放入循環(huán)系統的DNA片段;其豐度受多種因素影響,波動(dòng)較大,在內外因素特別是治療壓力下,其攜帶的生物信息可能會(huì )發(fā)生演變,且受正常細胞胚系變異或克隆性造血細胞體系突變干

        擾,在臨床檢測和報告解讀過(guò)程中應特別注意。

        ctDNA NGS檢測的臨床應用

        1、ctDNA NGS檢測在腫瘤伴隨診斷中的價(jià)值

        專(zhuān)家共識2:目前已有臨床證據支持ctDNA NGS檢測可應用于肺癌、乳腺癌、前列腺癌、卵巢癌等晚期實(shí)體腫瘤的伴隨診斷,但涉及的驅動(dòng)基因及其變異類(lèi)型與相應分析體系均有嚴格限定,若超適應癥應用時(shí),建議與患者就檢測必要性、檢測費用以及局限性等內容進(jìn)行充分知情。ctDNA NGS檢測已被國內外專(zhuān)家共識或指南建議作為多種晚期惡性腫瘤組織基因檢測的替代方式,但依據其分析結果實(shí)時(shí)制定臨床治療策略時(shí)仍需高級別循證證據支持。

        2、ctDNA NGS檢測對腫瘤治療療效評估及預后風(fēng)險分層的價(jià)值

        專(zhuān)家共識3:晚期實(shí)體腫瘤分子靶向或免疫檢查點(diǎn)抑制劑治療開(kāi)始后,基于NGS檢測的ctDNA水平定量和動(dòng)態(tài)變化分析,有望成為新興的療效評估途徑。ctDNA MRD檢測是全新的個(gè)性化技術(shù)應用領(lǐng)域,尚難以建立通用性技術(shù)標準,亟待通過(guò)大樣本、多中心、前瞻性的臨床試驗驗證其臨床效用。ctDNA NGS檢測在臨床上用于靶向或免疫治療評估和分層時(shí),建議就檢測價(jià)值、局限性和費用等進(jìn)行充分知情。

        3、ctDNA NGS檢測用于腫瘤獲得性耐藥機制分析的價(jià)值

        專(zhuān)家共識4:在臨床環(huán)境中,ctDNA NGS檢測可用于識別分子靶向治療的耐藥機制,尤其對于疑難復雜的腫瘤患者,該結果有助于后續的治療選擇決策。免疫檢查點(diǎn)抑制劑治療獲得性耐藥機制復雜,治療選擇壓力下的腫瘤亞克隆演進(jìn)僅為其部分原因,ctDNA靶向測序、全外顯子和(或)全基因組檢測僅作為其轉化研究工具之一。

        ctDNA NGS檢測的標準

        專(zhuān)家共識5

        ctDNA NGS檢測實(shí)驗室質(zhì)量管理需貫穿全程,ctDNA收集、樣本處理和自動(dòng)化過(guò)程應按照標準化和臨床驗證程序進(jìn)行,最大程度防范因操作差異而引發(fā)的假陰性可能。樣本采集建議采用含細胞穩定劑的抗凝管,盡快完成血漿分離,提取的cfDNA建議在24 h內進(jìn)行后續檢測,否則,置于-30 ℃至-15 ℃下儲存并避免反復凍融。

        專(zhuān)家共識6

        ctDNA NGS檢測應根據項目需求選擇技術(shù)路線(xiàn),可依據檢測基因數量及覆蓋范圍大小選擇不同測序策略。在進(jìn)行基于ctDNA的超高靈敏度突變檢測時(shí),建議使用分子標簽技術(shù)和優(yōu)化對應的生物信息分析設置,以降低由于測序平臺隨機誤差導致的假陽(yáng)性結果;建議通過(guò)建立測序噪音和克隆性造血背景庫的方法降低克隆性造血及背景噪音帶來(lái)的影響。

        專(zhuān)家共識7

        ctDNA NGS臨床檢測報告應包含受檢者基本信息、樣本信息、實(shí)驗室信息、檢測項目、檢測結果及變異解讀、檢測方法的實(shí)驗室內部驗證結果、檢測局限性及不確定性以及進(jìn)一步檢測的建議等內容。實(shí)驗室應建立報告SOP,建議根據國內外文獻、共識指南、臨床試驗證據和實(shí)踐對檢出的腫瘤基因突變進(jìn)行分類(lèi)或分級報告。

        ctDNA NGS檢測臨床應用展望

        基于ctDNA NGS檢測的bTMB具有免疫檢查點(diǎn)抑制劑療效預測價(jià)值,但仍有諸多因素影響bTMB檢測在臨床中的應用,未來(lái)還需開(kāi)展更多的前瞻性臨床研究。機器學(xué)習等人工智能算法不僅能降低假陽(yáng)性、提高靈敏度,還能有效整合多維度的異質(zhì)信息進(jìn)行全面分析,大幅提高ctDNA數據效力,是ctDNA數據分析的主要方向。

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